Bien, ahora que parece que lo de los links ya lo tengo un poco más solucionado, voy a comentaros que pasos he seguido:

1. Lo primero, y como deberíais hacer regularmente, he hecho una copia de seguridad tanto de ficheros como de la base de datos.
2. Acto seguido, me he bajado de aquí la última versión de WordPress, que a día de hoy es la 2.2
3. Cómo lo voy a instalar en inglés, lo que hice fue renombrar las tres carpetas que hay en la página de WordPress (wp-content, wp-admin, wp-includes) para darme más seguridad, aunque realmente solo habría que hacerlo con wp-content.
4. Subir todo el nuevo WordPress salvo la carpeta wp-content.
5. Una vez subido, pues ale, dejar la carpeta wp-content como estaba.
6. Entrar en el panel de administración de vuestra página y os dirá que hay que actualizar
7. Si todo ha ido bien, perfecto :D

Y ahora voy yo, que a mi no me fue todo bien :D

Lo primero es que empecé a ver errores como del estilo:

SELECT cat_ID FROM wp_categories WHERE category_parent = 0 AND ( category_count = 0 OR link_count != 0 OR ( link_count = 0 AND category_count = 0 ) ) ORDER BY link_count DESC

Con lo cuál se me ocurrió que algo con la tablas no iba bien y luego me enteré que es que en la versión 2.1 de WordPress habían cambiado el formato y ahora la tabla wp_categories guardaba todas las categorías, incluídas las de los links.

Así que lo que tenéis que hacer, es completar esa tabla, usando para ello el siguiente código SQL (poniendo la database vuestra):

ALTER TABLE –database–.wp_categories ADD COLUMN link_count BIGINT(20) NOT NULL DEFAULT 0 AFTER category_count,
ADD COLUMN posts_private TINYINT(1) NOT NULL DEFAULT 0 AFTER link_count,
ADD COLUMN links_private TINYINT(1) NOT NULL DEFAULT 0 AFTER posts_private;
Y ahora toca crear una nueva tabla para que enlace con ésta, y lo podéis hacer con el siguiente código:

CREATE TABLE `wp_link2cat` (
`rel_id` BIGINT( 20 ) NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY ,
`link_id` BIGINT( 20 ) NOT NULL DEFAULT ‘0’,
`category_id` BIGINT( 20 ) NOT NULL DEFAULT ‘0’,
KEY `link_id` (`link_id`,`category_id`)
) ENGINE = MYISAM AUTO_INCREMENT=32 ;

Con ésto y un bizcocho, todo volvió a funcionar, ¡¡yupi!!

Bueno, todo, todo… no, hay algún plugin que tengo que revisar, pero creo que eso ya lo miraré mañana ;)

Más información:
http://www.javivicente.com/2007/01/29/actualizacion-wp-21-ha-desaparecido-wp_link2cat.html
http://wordpress.org/support/topic/101119